Najlepiej zrobic w jezyku i programie ktory sie zna najlepiej. Tworzenie dobrej bazy danych nie jest najlatwiejszym zadaniem, dla poczatkujacego programisty.
Pisze poczatkujacego bo skoro pytasz to znaczy ze nie robiles tego wczesniej.
Mysql jest dobrym rozwiazaniem, nie musisz sie martwic o wiele przedziwnych rzeczy zwiazanych z przechowywaniem, wyszukiwaniem danych, itp.
server mysql-a mozna przeciez zainstalowac na wielu platformach na windowsie rowniez, wystarczy tylko sciagnac odpowiednie binaria.